
Automatiser sa comptabilité en 2025
La solution idéale pour les professionnels de santé libéraux

Par Adrien Bourzat
Publié le 16 avril 2025, 14h27 (Mis à jour le 09 juillet 2025, 07h36)
Médecins, kinésithérapeutes, infirmiers, ostéopathes, psychologues… Votre priorité est le bien-être de vos patients. Mais la gestion comptable est parfois chronophage et surtout sujette aux erreurs. Face à cette réalité, l'automatisation de la comptabilité émerge comme une solution moderne, fiable et parfaitement adaptée à vos spécificités comptables. Quelle comptabilité pour les professions de santé libérales ? Comment l'automatisation peut-elle transformer votre quotidien ? Quelles sont les bonnes pratiques pour une mise en place réussie ? Nous répondons à toutes vos questions !
Quelle comptabilité pour les professions libérales de santé ? Un aperçu des régimes
Les professionnels de santé libéraux, comme les médecins, infirmiers, kinésithérapeutes ou orthophonistes, sont généralement soumis au régime des bénéfices non commerciaux (BNC). En fonction de leur chiffre d'affaires et de leur structure juridique, plusieurs régimes comptables peuvent s’appliquer.
Le professionnel en entreprise individuelle
Le régime micro-BNC pour une comptabilité simplifiée
Si le chiffre d'affaires annuel de votre entreprise individuelle ne dépasse pas 77 700 € (seuil pour 2025), vous pouvez opter pour le régime micro-BNC. Ce régime vous permet de simplifier votre comptabilité en tenant simplement un livre des recettes et en déclarant votre chiffre d'affaires à l'Urssaf, tous les mois ou trimestres.
👍 Bon à savoir
Au régime micro-BNC, au lieu de déduire vos dépenses réelles, l'administration fiscale applique automatiquement un abattement de 34 % sur vos recettes.
La déclaration contrôlée : pour des revenus plus élevés
Lorsque le chiffre d'affaires de l’entrepreneur individuel dépasse le seuil du régime
micro-BNC, ou sur option, le professionnel passe au régime de la déclaration contrôlée. Ce régime impose une comptabilité plus détaillée, avec :
- La tenue d’une comptabilité de trésorerie (enregistrement chronologique des recettes et des dépenses).
- Le dépôt des comptes annuels via la déclaration 2035.
- La possibilité de déduire les charges réelles.
Et si j’exerce en société (SEL, SELARL, SCP…) ?
Certains professionnels préfèrent exercer leur profession en créant une société, comme une Société d'Exercice Libéral (SEL) ou une Société Civile Professionnelle (SCP). Ce choix offre une plus grande flexibilité dans la gestion et peut être intéressant pour développer l’activité ou s’associer.
Ce type de structure implique des obligations comptables et fiscales différentes :
- Les sociétés sont soumises à l’impôt sur les sociétés (IS) 🏦, ce qui modifie les modalités d’imposition du bénéfice.
- Elles doivent adopter une comptabilité d’engagement, plus rigoureuse, incluant la tenue d’un livre journal, d’un grand livre, et l’établissement d’un bilan annuel.
L’automatisation comptable, qu’est-ce que c’est ?
Pour les professionnels de santé libéraux, l'automatisation de la comptabilité se présente comme une alternative moderne et économique à l'expert-comptable traditionnel. Que vous exerciez en micro-BNC, en entreprise individuelle (déclaration contrôlée) ou en société (SEL, SELARL, SCP), un logiciel de comptabilité simple adapté est la clé pour simplifier vos obligations comptables à moindre coût.
Ces outils performants vous font gagner un temps précieux en automatisant la récupération de vos transactions bancaires et leur catégorisation. Fini la saisie manuelle fastidieuse ! L'automatisation limite considérablement les erreurs humaines, vous assurant une comptabilité fiable et sans stress. De plus, elle représente une économie significative par rapport aux honoraires souvent élevés d'un expert-comptable. Enfin, grâce à des tableaux de bord intuitifs, vous bénéficiez d'un suivi en temps réel de votre activité financière, vous permettant de prendre des décisions éclairées pour le développement de votre activité.
Comment automatiser votre comptabilité ? Nos conseils pratiques
Mettre en place l'automatisation de votre comptabilité demande quelques étapes clés :
Évaluez votre organisation actuelle
Avant de vous lancer dans le choix d'un outil, prenez le temps d'analyser votre fonctionnement actuel. Quelles sont les tâches comptables qui vous prennent le plus de temps ? Où ressentez-vous le plus de difficultés ou de risques d'erreurs ? Utilisez-vous déjà un logiciel, des tableurs, ou gérez-vous tout manuellement. Vous pourrez ensuite vous tourner vers l’offre qui correspond au mieux à tous vos besoins.
💡 Notre conseil
Si vous utilisez encore un compte bancaire personnel pour votre activité professionnelle, ouvrez un compte dédié dès que possible ! Ce dernier est essentiel pour une automatisation efficace.
Choisissez un logiciel adapté
Optez pour un logiciel conçu spécialement pour les professions libérales de santé qui répond aux besoins spécifiques de votre activité. Ce type de solution prend en charge la comptabilité des professionnels libéraux. Il permet d’automatiser l’enregistrement de vos recettes et dépenses à partir de vos mouvements bancaires et surtout d'effectuer toutes vos déclarations fiscales obligatoires.
Connectez vos flux financiers
Enfin, assurez-vous que le logiciel peut se connecter de manière sécurisée à vos comptes bancaires professionnels, y compris ceux liés aux paiements de la CPAM, des mutuelles et des plateformes de téléconsultation.
En bref, l'automatisation de la comptabilité permet aux professionnels de santé libéraux de gagner en sérénité. En se libérant des tâches répétitives, les professionnels de santé peuvent se concentrer sur ce qui compte vraiment : le suivi et le bien-être de leurs patients.