L’implémentation des technologies d’analyse du génome et notamment du séquençage haut débit (SHD ou NGS) à des fins médicales a pour buts : - d’identifier les causes moléculaires d’une maladie, permettant ainsi d’établir le diagnostic et d’adapter / d’optimiser la prise en charge des patients et le conseil génétique ; - d’identifier les altérations moléculaires dans les tumeurs pour adapter / optimiser la prise en charge thérapeutique des patients atteints de cancer (identification de cibles thérapeutiques permettant l’accès à des thérapies ciblées (avec AMM ou dans le cadre d’essais thérapeu-tiques), prédiction de la réponse au traitement, identification précoce d’altérations liées à la résistance au traitement, suivi de la maladie). Cette formation est à destination des biologistes médicaux généticiens moléculaires et généticiens médicaux pratiquant déjà le NGS (panels wet ou in silico), estimant devoir conforter leurs acquis dans le domaine et élargir leur champ de compétences en vue d’une évolution vers le séquençage très haut débit (WES, WGS). Cette formation s'inscrit dans le cadre de l'amélioration des pratiques et de l'approfondisse-ment des connaissances des pratiques diagnostiques et des prises en charges thérapeutiques. Cette formation s’inscrit dans les axes du Plan National Maladies Rares (PNMR3 2018-202

2- (« axe 9 : former les professionnels de santé à mieux identifier et prendre en charge les mala-dies rares », du 3ème Plan cancer (2014-201

9- (« objectif 4 : faire évoluer les formations et les métiers de la cancérologie ») et du Plan France Médecine Génomique (PFMG) 2025. Références : Plan National Maladies Rares 2018-2022 : https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/plan_national_maladies_rares_2018-2022.pdf Plan cancer 2014-2019: https://www.e-cancer.fr/Expertises-et-publications/Catalogue-des-publications/Plan-Cancer-2014-2019 Plan « Médecine France Génomique 2025 » : https://solidarites-sante.gouv.fr/systeme-de-sante-et-medico-social/recherche-et-innovation/france-genomique Contenu : (1- Aspects organisationnels du diagnostic moléculaire par NGS en France ; évolution vers le séquençage très haut débit : missions des laboratoires experts / de référence, plan France médecine génomique (PFMG) 2025 et missions des plateformes LBM SeqOiA et AURAGEN ; recommandations des sociétés savantes, de la prescription (arbres décisionnels, RCP) au compte rendu d’analyse ; (

2- Aspects techniques : état des lieux et comparaison des technologies actuelles de NGS dans les laboratoires diagnostiques ; technologies avancées de NGS et perspectives ; (

3- Aspects analytiques : bioinformatique adaptée aux généticiens moléculaires : définition des formats de fichiers informatiques et des différentes stratégies d’analyse de données (panels de gènes, panels in silico, WES, WGS) ; stratégies et modalités de filtration des données ; sensibilisation aux pièges informatiques ; (

4- Aspects qualité : validation de méthode du NGS, qualification initiale et suivi de la qualité (technique et pipeline bioinformatique, contrôles de qualité internes et externes, conservation des données ; (

5- Aspects post-analytiques : interprétation et compte-rendu d’analyse : recommandations d’interprétation des variants (ANPGM, réseau NGS-Diag), check-list d’interprétation, importance des réunions de concertation clinico-biologiques ; interprétation critique d’un résultat négatif ; recommandations pour l’établissement d’un compte-rendu (variants en lien avec l’indication primaire, variants sans lien avec l’indication primaire (données incidentes et secondaires) ; (

6- Travaux pratiques : mise en situation : ateliers thématiques (organisés selon les filières/réseaux), analyse des données de séquençage (WES/WGS +/- larges panels) issues de cas cliniques. Objectifs généraux et spécifiques : La formation est destinée à approfondir les connaissances concernant le NGS et faciliter l’évolution vers le séquençage très haut débit. Elle est principalement orientée sur l’analyse bioinformatique et l’interprétation de données de panels larges, d’exomes ou de génomes. Objectifs spécifiques : - Définir l’organisation de la génétique moléculaire en France dans le contexte du plan FMG2025 ; - Définir et comparer les technologies NGS actuelles dans les laboratoires de diagnostic, décrire les étapes de l’analyse bioinformatique ; définir les évolutions technologiques et perspectives ; - Définir les modalités d’analyse bioinformatique : formats de données, stratégies d’analyse en fonction de l’application (panels in silico, WES, WGS), filtration des données ; - Définir les aspects qualité relatifs au NGS : validations de méthode, qualification ini-tiale et suivi de la qualité (technique et pipeline bioinformatique, CQI, CQE), conser-vation des données ; - Définir les modalités d’interprétation des variants selon les recommandations des so-ciétés savantes (ANPGM, réseau NGS-Diag, réseau Bioinfo-Diag) ; - Définir les modalités de compte rendu d’analyse selon les règles de bonnes pratiques. Objectifs pour les apprenants, en termes de compétences et de connaissances à acquérir ou à mettre à jour : - Connaître l’organisation de la génétique moléculaire en France dans le contexte du plan FMG2025 ; - Connaître les avantages et inconvénients des différentes technologies NGS et être en capacité de sélectionner la stratégie la plus adaptée en fonction de la question biolo-gique posée / d’avoir une vue critique sur la stratégie utilisée ; - Connaître le principe de l’analyse bioinformatique des données de NGS, les modalités de filtration et être en capacité de sélectionner la stratégie la plus adaptée en fonction de la question biologique posée / d’avoir une vue critique sur la stratégie utilisée ; être en capacité d’identifier les pièges de l’analyse bioinformatique liés au génome ; - Connaître les paramètres à maîtriser spécifiques au NGS, les critères qualité techniques et bioinformatiques d’une analyse NGS ; être ainsi en capacité de mettre en œuvre une gestion de la qualité adaptée au NGS ; - Connaître les modalités d’interprétation de variations identifiées en NGS ; être en ca-pacité d’interpréter un résultat d’analyse de façon raisonnée, d’identifier les pièges d’interprétation, d’avoir une vision critique d’un résultat négatif ; - Connaître les recommandations d’établissement d’un compte rendu d’analyse NGS (panel large, WES, WGS) ; être en capacité de rapporter un résultat d’analyse selon les règles de bonnes pratiques.